Árið 1807 gerðu Bretar stórskotaárás á Kaupmannahöfn og gengu Danir þá í lið með Frökkum. Breski flotinn var allsráðandi í norðurhöfum og hertók flest Íslandsskip. Magnús Stephensen var á einu þessara skipa og í þremur dagbókarbrotum frá 1807–1808 lýsir hann ferð sinni, hertökunni, dvöl sinni í Leith og Kaupmannahöfn og tilraunum sínum til að koma landsmönnum til hjálpar. Hann gaf út Eftirmæli átjándu aldar á dönsku, skrifaði fræðigreinar, nam ensku og sótti tónleika og veislur hjá fyrirmönnum. Napóleonsstyrjaldirnar eru alltaf í bakgrunninum, Kristján VII deyr og Friðrik VI tekur við ríkjum. Loks segir hann frá dvöl sinni í Björgvin þar sem hann leitaðist við að semja við norska kaupmenn um Íslandssiglingu. Einnig er hér birt ferðadagbók hans frá haustinu 1799.
Ferðabækur Magnúsar Stephensen 1807-1808
Sögufélagið hefur gefið út Ferðadagbækur Magnúsar Stephensen 1807-1808. Um útgáfur þessa sáu Anna Agnarsdóttir og Þórir Stephensen.
Dagbækurnar veita afar áhugaverða innsýn inn í þá umbrotatima á Íslandi og í Evrópu á þessum árum.